Najlepsze efekty przynosi aplikowanie magnetoterapii codziennie przez okres co najmniej 2–3 miesięcy, aczkolwiek długoterminowe stosowanie przynosi zwykle lepsze rezultaty.
Konsekwencją nieregularnego korzystania z urządzenia, zwłaszcza na początku leczenia, jest mniejsza skuteczność terapii.
Magnetoterapię można stosować w połączeniu ze wszystkimi klasycznymi metodami leczenia, oprócz metody leczenia za pomocą promieniowania rentgenowskiego lub innego promieniowania jonizującego.
Podobnie jak inne metody leczenia, także magnetoterapia nie jest lekiem na wszystkie dolegliwości zdrowotne. W uzasadnionych przypadkach zastosowanie magnetoterapii należy skonsultować z lekarzem specjalistą. – Magnetoterapię należy zastosować jak najszybciej, ponieważ pulsujące pole magnetyczne będzie mogło skuteczniej wpłynąć na zaburzenia funkcyjne. Można osiągnąć znaczącą poprawę stanu zdrowia.
W miarę możliwości nie należy raptownie kończyć leczenia metodą magnetoterapii. Korzystniejsze jest wydłużanie przerw między poszczególnymi aplikacjami (np. 3 razy dziennie, 2 razy dziennie, 1 raz dziennie).
Po konsultacji z lekarzem możliwe jest obniżenie dawek leków (np. środków przeciwbólowych, przeciwreumatycznych, itp.).
U osób z niskim lub wysokim ciśnieniem krwi może dojść do jego nagłego spadku. Zjawisko to nie jest powodem do zaprzestania korzystania z tego aparatu, ponieważ znika w ciągu 5–10 dni. Z tego powodu zalecamy w trakcie całego zabiegu magnetoterapii zawsze siedzieć lub leżeć, nie wstawać. Zaleca się wstać dopiero po upływie 5 minut od aplikacji. Jest również możliwe skrócenie czasu kilku pierwszych aplikacji o połowę.
U niektórych pacjentów cierpiących na zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa czasem się zdarza, że bezpośrednio po leczeniu nie dochodzi do poprawy. Jednak po upływie kolejnego tygodnia zauważalna jest poprawa stanu zdrowia.
U mniej więcej 10 % osób może dojść do chwilowego pogorszenia stanu. Mamy tu do czynienia z podobnym zjawiskiem, jak w przypadku pobytu w sanatorium. Świadczy to o oddziaływaniu pola magnetycznego na konkretną osobę, na co organizm w taki właśnie sposób reaguje. Z pewnością nie stanowi to powodu do zakończenia korzystania z tego aparatu, ale należy skrócić czas aplikacji (np. tryb regeneracji zakończyć już po 10 minutach). Po złagodzeniu dolegliwości można czas aplikacji znowu powoli wydłużać.
Choć na efekty jakiejkolwiek terapii fizykalnej, w porównaniu z działaniem leków, trzeba czekać dłużej, to jej skuteczność jest długofalowa.
Magnetoterapia wspiera procesy regeneracyjne i przyspiesza przemianę materii, stąd też należy pomóc organizmowi także w skutecznym usunięciu produktów przemiany materii i detoksykacji. Przez cały dzień trzeba uzupełniać wodę w organizmie, a przed każdą aplikacją magnetoterapii i po niej wypić co najmniej jedną lub dwie szklanki.